基本版面の設計にはフォントをどうするかというのも入ってくるのだけど，jlreq.clsではフォントの指定はできない．理由は単純で，やはりdviwareに依存してしまうから．といってもdvipdfmxに限定すればPXchfonがあるし，LuaTeX-jaならばfontspecがあるので，jlreq.clsでなくても指定する手段は存在する．

fontspecの方はきちんとJFMを指定しないと変わっちゃうので（気にする場合は）少し用心．横書きならばjlreq，縦書きならばjlreqvを指定すれば良い．luatexja-presetにはJFMを指定する機構がないのでそのままでは使えないのがちょっと残念．（jfm=オプションがあっても良い？）同じような話はOTFパッケージにもあって，こっちも読み込むとJFMが変わっちゃう．noreplaceオプションで変わらなくはできるけど．